與目前采用的物理法和化學法相比，在污水處理方面，微生物技術具有一系列的特點和優勢: 

 ①具有很強的吸附力和良好的沉降性，很強的降解能力，不需要高溫、高壓、溫和的條件，污染物經過酶催化即可高效并相對徹底完成，處理水量大，處理費用低廉，僅為物理、化學法的30% ～ 50%。

 ②微生物物種豐富、資源廣泛、具有多種代謝類型，幾乎可降解或轉化環境中存在的各種天然物質，易培養、繁殖快、對環境有較強的適應能力和易實現變異等特性，一旦新的化合物出現，它們也能逐步通過自發或誘導產生新的酶系，具備新的代謝功能，從而降解或轉化那些新的化合物。適當地對其加以培養繁殖，特別是在一定條件下加以馴化，就能使之很好地適應各種有毒的工業廢水、生活污水等環境。通過有針對性地對菌種進行篩選、培養和馴化，可以使大多數的有機物實現生物降解處理，應用面寬。

 ③微生物處理不僅能去除有機物、病原體、有毒物質，還能去除臭味、提高透明度、降低色度等，處理效果良好。只要找到合適的微生物，給予合適的條件，所有的污染物質都可得到降解或轉化。

 ④對環境影響小，不產生二次污染，遺留問題少。

 ⑤直接暴露在污染物下的機會減少。

 ⑥就地處理，操作簡便，可以避免鋪設不雅觀的機械設備，減少占地面積，基建費、運行費，能耗，管理等，且能滿足高效低耗的要求。

人們利用這些微小的生物群體，加之人為作用就可以解決其他物理化學方法無法解決的難題。為今后的污水處理提供了一項高效、節能、環保的綠色途徑。